Marko Marin rođen je u Bosanskoj Gradišci. Kad su mu bile dvije i po godine, Markovi roditelji odlučili su se preseliti u Njemačku, u Frankfurt na Majni. Tamo je i počeo igrati fudbal: za klub iz predgrađa SG 01 Höchst. Talent tada sedmogodišnjeg driblera brzo su uočili skauti bundesligaškog kluba Eintrachta iz Frankfurta, u čijim je omladinskim pogonima Marin nogometno obrazovan. prelazi u Borussiju iz Mönchengladbacha, gdje u vrlo kratkom roku bilježi uspjeh za uspjehom u profesionalnom njemačkom nogometu. 31. marta 2007., samo par dana nakon što je navršio 18. rođendan, Marin je odigrao svoju prvu utakmicu u prvoj Bundesligi.
Međutim, nakon obećavajućeg početka, karijera mu se nije razvijala kako je planirano.
Nakon Mönchengladbacha otišao je u Werder, a onda u londonski Chelsea, gdje je većinu ugovora proveo na posudbama.
Igrao je za Sevillu, Fiorentinu, Anderlecht, Trabzon, a onda je potpisao za Olympiacos. Nigdje nije ostavio dublji trag. Nešto kasnije okušao se i u Crvenoj zvezdi, Al Ahliju, Al Raedu i na kraju Ferencvarosu.
Bh. javnost najviše ga pamti po prijateljskoj utakmici između Njemačke i Bosne i Hercegovine, kada je dobio šamar od Emira Spahića.
Prošle godine okončao je karijeru u 34. godini, a onda je postao direktor skautinga Crvene zvezde.