Fudbalsku karijeru počeo je 1984. godine u omladinskom pogonu FK Veleža iz Mostara. Sa 19 godina potpisao je prvi profesionalni ugovor s FK Veležom. Godine 1991., tokom posjete rodbini u Njemačku, otišao je na trening Hanovera, te svojim fudbalskim znanjem i vještinom impresionirao tadašnjeg trenera i potpisao ugovor.
U Hanoveru je igrao do 1993. godine, kada je prešao u Union Berlin, potom, 1996., u Hansu Rostok, pa u Borusiju Dortmund, te 2000. godine u Hamburger SV u kojem je u sezoni 2000/2001. bio najbolji strijelac njemačke Bundeslige. Nakon šest godina u HSV-u, u ljeto 2006., prešao je u Bajer 04 Leverkusen, gdje je ostao do 2008. godine, odnosno do kraja svoje igračke karijere. Sa 324 odigrane utakmice bio je strani igrač s najviše nastupa u njemačkoj Bundesligi.
Reprezentacija BiH
Za bosanskohercegovačku fudbalsku reprezentaciju Sergej Barbarez debitovao je 14. maja 1998. godine u prijateljskoj utakmici protiv reprezentacije Argentine u La Plati. Dugo vremena bio je kapiten reprezentacije, ali zbog raznih afera koje su se dešavale u N/FS BiH oprostio se od najdražeg dresa 2006. godine. Za bh. reprezentaciju odigrao je 47 utakmica i postigao 17 golova.
Uspjesi, nagrade i priznanja
Najbolji strijelac njemačke Bundeslige u sezoni 2000/2001.
Fudbaler godine u BiH – 2001.
Osvojio njemački DFB Ligakup sa HSV-om – 2003.
Fudbaler godine u BiH – 2003.
Sportista godine u BiH – 2005.
Jedna ulica u Mostaru dobila je ime po njemu 2005. godine.
Sa 324 odigrane utakmice postao strani igrač sa najviše nastupa u njemačkoj Bundesligi – 2008.
Kao selektor odveo je ove godine reprezentaciju BiH na Svjetsko prvenstvo u SAD-u, Kanadi i Meksiku, gdje smo postigli najveći uspjeh do sada – plasman u nokaut-fazu.
Saznajte sve o najvažnijim vijestima i događajima, čitajte na Google News.