Karijeru je počeo 1988. godine kao trener portugalskog Estorila, a nakon toga je trenirao Estrela Amadora, Porto, AEK u dva mandata, Panathinaikos, Sporting, Benficu i PAOK.
Santos je tako deveti stručnjak koji je ostao bez posla nakon nastupa na Svjetskom prvenstvu u Kataru.
Od timova koji su igrali u Kataru i već završili svoje takmičenje, bez selektora su ostale selekcije Meksika, Irana, Belgije, Španije, Brazila, Gane, Južne Koraje i Nizozemske, a moguće je da u narednom periodu vidimo još nekoliko promjena.
Ovo ujedno i znači da bi Cristiano Ronaldo mogao nastaviti igrati za reprezentaciju Portugala, a tamošnji mediji ranije su pisali da je jedan od uslova ovog nogometaša smjena Fernanda Santosa s mjesta selektora i dolazak Josea Mourinha na njegovu poziciju.
Podsjetimo, Portugal će u grupi kvalifikacija za Evropsko prvenstvo igrati i protiv reprezentacije Bosne i Hercegovine.